Responsabile


Benedetti Anna
anna.benedetti@entecra.it

Sito web

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Staff

Banche Dati e Bio-Collezioni Nazionali

Collezioni Biologiche

Collezioni di microrganismi di interesse agrario Col.Mi.A. - ColMiA

Coordinatore: CRA-RPS. http://rps.entecra.it

Finanziatore: MiPAAF. http://www.politicheagricole.it

Date:

Risultati raggiunti:
Mantenimento della collezione esistente secondo metodologie comuni e condivise.

Durante l’intera progettualità vengono controllati e mantenuti i ceppi microbici già conservati presso il CRA-RPS. Il mantenimento della collezione esistente è stato condotto utilizzando le metodologie riportate nel manuale redatto insieme alle altre UU.OO.. In particolare è stata valutata la vitalità dei ceppi in collezione mediante rivitalizzazione delle colture conservate a -80°C in glicerolo al 40% (w/v) e identificazione molecolare mediante sequenziamento di una porzione del gene 16S rDNA.
Non si sono riscontrate particolari difficoltà nella procedura di mantenimento della collezione.

Ampliamento della collezione con l’isolamento di nuovi microrganismi provenienti da diverse matrici ambientali e diverse tipologie di suolo.
La collezione è stata ampliata mediante l’isolamento di batteri isolati da sistemi MFC (Microbial Fuel Cells) a partire da diverse matrici ambientali quali suolo, ammendante, siero di latte (gentilmente fornito dal Dr. Giraffa – CRA-FLC, Lodi) ed effluenti zootecnici, individuando gli organismi più efficienti nell’utilizzo di tali specifici substrati e selezionandoli in base alla loro resa elettrogenica. La difficoltà di individuare i migliori organismi per utilizzare biomasse di scarto come fonte di energia è data dal fatto che le proprietà elettrogeniche non sono esclusive di poche specie batteriche ma molto più diffuse e variabili di quanto si pensasse, e che batteri diversi sono “specializzati” per l’utilizzo di substrati organici diversi. Infatti, matrici organiche complesse vengono ossidate ed utilizzate come nutriente da intere comunità microbiche costituite da numerosi batteri diversi, ognuno dei quali specializzato per una specifica funzione.
Si è inoltre proceduto all’isolamento di microrganismi provenienti da suoli antichi di varia età (risalenti dall’ all’età romana) sepolti a diversa profondità, rilevati n occasione di lavori di cantiere effettuati nel centro storico di Bologna, con l’obiettivo di esplorare la variabilità genetica microbica e l’eventuale sopravvivenza di individui ancestrali in suoli rimasti intatti per migliaia di anni. E’ stato condotto l’isolamento di batteri anche in condizioni di assenza d’ossigeno, mediante l’utilizzo di sistemi in grado di mantenere l’anaerobiosi.
Per dimostrare quanto la biodiversità microbica dei suoli possa essere importante sia nello studio e nella gestione dei sistemi agrari che per la qualità di particolari colture strettamente legate al territorio sono state valutate le comunità batteriche endofitiche colturabili associate a cultivar identiche dal punto di vista genetico di ciliegio provenienti da diversi territori, mediante conta e identificazione con metodi tradizionali e molecolari.

Identificazione di ceppi microbici e caratterizzazione dei microrganismi di particolare interesse mediante analisi sia ecofisiologiche che molecolari, volte ad una fine biotipizzazione;
Seguendo le procedure riportate nel manuale, si è proceduto all’identificazione dei microrganismi isolati secondo il punto 2. In particolare, l’identificazione è stata effettuata mediante metodi molecolari, basati sull’amplificazione e sul sequenziamento di una porzione del gene 16S dell’rDNA.
Per alcuni ceppi particolarmente interessanti, come alcuni di lievito appartenenti al genere Meyerozyma, è stata effettuata una caratterizzazione ecofisiologica basata sull’ottenimento del profilo catabolico del ceppo di interesse, cioè dalla capacità o meno di utilizzare una serie di specifici composti organici.
Altri ceppi di rizobi presenti in collezione sono stati caratterizzati mediante Phenotype Microarray (BIOLOG), ed i dati così ottenuti sono stati affiancati al sequenziamento del DNA, sia per acquisire nuove informazioni indispensabili per garantire la qualità di ceppi collezionati, che per acquisire nuove informazioni di carattere funzionale e metabolico di tali microrganismi.
Infine, i ceppi batterici selezionati da sistemi MFC sono stati screenati e caratterizzati per la valutazione delle proprietà elettrigeniche mediante voltammetria ciclica.